Esta localidad se encuentra en el área centro-meridional del Valle, en la margen izquierda del río Ebro, a los pies de la falda N de un destacado cerro testigo, desgajado de los Montes Obarenes por la acción del río, el cual configura un destacado desfiladero y constituye una barrera natural entre esta localidad y Montejo de Cebas.
El apelativo de San Miguel le viene del antiguo monasterio, hoy ermita, de ese nombre.
El acceso a la misma se realiza desviándose de la comarcal BU-530 a la altura de Quintana Martín Galíndez, penetrando esta vía por la zona NE del núcleo urbano y atravesándolo en dirección O, continuando hacia Quintana María. Su casco urbano se dispone de forma apiñada en torno a la iglesia y plaza, organizado en calles transversales a la carretera, siendo la zona N bastante llana, mientras que la zona S se acomoda a la ladera del cerro.
Núcleo de cierta entidad, es el conjunto urbano mejor conservado del Valle debido a la labor de sus vecinos. Sus orígenes están ligados a la ermita de San Miguel, antiguo monasterio citado ya en documentación de 1084 en su donación al de Oña, alcanzando su mayor esplendor en los siglos XVI y XVII debido a las fortunas hechas en América, existiendo todavía varias casonas denominadas Casas de Indianos, que destacan por sus grandes dimensiones y sus balconadas acristaladas. Junto a éstas, sobresalen también varias casas blasonadas con sólida fábrica de piedra arenisca, aunque la mayoría de las construcciones responden a casas solariegas realizadas en los siglos XIX y XX, realizadas con mampostería y sillar de arenisca o bien con fábrica mixta, mostrando en la zona inferior piedra y en la superior entramado, donde se abren balconadas y solanas, situándose sus fachadas fundamentalmente al S y al E.
Es así mismo destacable el cementerio, construido a mediados del XIX, donde destacan las capillas o mausoleos de las familias Robador y Val Ortiz de Valderrama.
La iglesia es excelente tanto interior como exteriormente. Todo el frente luce una perfecta sillería. El atrio hace de pórtico y la altísima torre está subdividida por molduras. Es la única iglesia del Valle con cúpula sobre crucero y con frescos de los cuatro Evangelistas y algunos santos más. El retablo mayor es barroco.
Los elementos etnológicos también adquieren un papel importante en esta localidad, existiendo todavía algunas bodegas que recuerdan el importante papel del viñedo en tiempos pasados y un lagar que está siendo recuperado como museo etnográfico; así mismo, se han recuperado el horno de pan, el juego de bolos, una tejera y una carbonera.
El aspecto ecológico es igualmente destacable, tanto por su entorno paisajístico como por su variada flora y fauna; el primero está determinado por su ubicación junto al desfiladero del Ebro y las amplias vistas que se obtienen desde el cerro de San Miguel, no sólo del Valle, si no también de la cercana villa de Frías; el segundo está constatado en la existencia de una ruta botánica.